Được thành lập từ năm 1998, khi mới thành lập có tên là: Phòng Quản lý khoa học và đào tạo Sau đại học; Năm 2003: đổi tên thành Khoa Sau đại học; Đến năm 2014: đổi tên thành Phòng Đào tạo Sau đại học theo quyết định số 330/QĐ-NHNN ngày 26/2/2014 của Thống đốc NHNN. Từ tháng 08/2018 đến nay, Khoa được mang tên Khoa Sau đại học trên cơ sở quyết định số 1650/QĐ-NHNN ngày 20/8/2018 của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam